صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مؤدیان صادر می‌شود.
در مورد مؤدیانی که مستقیماً با مصرف‌کننده نهایی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می‌شود.
در صورتی که خریدار، مصرف‌کننده نهایی نبوده و خود عضو سامانه مؤدیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مؤدیان منتقل می‌شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می‌شود.
مؤدیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مؤدیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب‌ها اقدام کنند.
عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تأیید صورتحساب مربوط می‌باشد.
در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدی که عبارت است از مابه‌التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می‌شود.
در صورتی که مالیات فروش مؤدی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مؤدی موظف است مابه‌التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می‌کند، به حساب سازمان واریز کند. متقابلاً در صورتی که مالیات فروش مؤدی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه‌التفاوت را به مؤدی مسترد کند.
